報紙、電視上經常能夠看到糞菌移植不僅對腸炎有效，對肥胖和代謝綜合征的效果也值得期待。幾個世紀前，人類已經用這種方法對家畜進行治療了，治療方法是有效的。后來該方法用于食物中毒和重度腹瀉的治療，直到2013年有文獻證明了它對感染癥狀有效才受到人們的關注。

艱難梭菌是厭氧革蘭氏陽性桿菌。經口感染后細菌抵達腸道，作為腸內菌存在，占健康人腸內菌群的7%。服用抗生素后腸內菌群的平衡被打亂，艱難棱菌開始增殖，艱難棱菌分泌毒素A和B，然后引發腸炎。

藤田醫科大學病院消化道內科主任大宮教授說，針對藥物治療不響應，或者復發的艱難梭菌感染，糞菌移植的治療效果能達到9成有效。

近幾年，針對炎癥性腸炎(IBD)或者過敏性腸炎綜合征(IBS)、慢性便秘等腸道疾病有很多糞菌移植的試驗。其中，通過動物試驗已經證實了IBD的代表性疾病潰瘍性腸炎與細胞內受體的異常有關，由腸內細菌構成比例失調引發。

醫生們從患者的炎癥部位將潰瘍性腸炎的惡化因素Fusobacterium varium分離鑒定，以該菌為靶點進行多藥物聯合治療，可以提高治療效果。有研究認為Fusobacterium varium是引發潰瘍性大腸炎，借助絡氨酸導致大腸黏膜上皮細胞凋亡，促進IL-8和TNFα細胞因子分泌造成炎癥的細菌(圖)。