慶應義塾大學病院成立于1920年，至今已經近百年的歷史，第一任院長是有著“日本細菌學之父”之稱的北里柴三郎。至2016年，慶應義塾大學病院已經發展成擁有1044張病床，年外來患者816,242人(日平均3,057人)，年住院患者291,603人(日平均799人)的大型綜合病院，醫療水平連續多年位居日本大型醫院前列。

慶應義塾大學病院一直致力于高水平先進醫療，2003年3月在亞洲范圍內首次引入了達芬奇機器人用于外科手術;2009年成功進行了世界上首例心臟畸形患兒活體肝移植手術;2013年慶應義塾大學病院的岡野容之教授在聽力障礙的白鼠耳內成功地再生了細胞，使白鼠聽力恢復了正常。

慶應義塾大學病院一直以來致力于團隊醫療，各診療科跨科室密切協作，開展多方位治療，并在此基礎上進一步發展，于2009年成立了腫瘤中心，跨科室地開展器官橫貫性癌癥治療。由此，各科專家可協作開展無縫治療，諸如消化系統腫瘤，極為早期的行內鏡治療，已有進展的行腹腔鏡治療，晚期的行化療、放療。于該中心擁有以研發微創癌癥治療新技術和設備為目的的微創療法研發部門，并已成功開發了多項新治療方法和器械，積累了豐富的經驗。在消化系統腫瘤的治療領域，只要沒有淋巴結轉移，無論腫瘤的大小和位置如何均能用微創手術治療。慶應義塾大學病院矢作直久主任是著名的ESD術開發人員之一，擁有十多年的臨床經驗和驕人的業績。

腫瘤中心

治療對象：較早期的消化系統癌癥(食管癌、胃癌、十二指腸癌、大腸癌)

治療方法：對早期消化系統癌癥的內鏡和腹腔鏡手術、利用前哨淋巴結活檢進行胃癌細胞減滅術

消化系統腫瘤的治療一般以外科切除為主，但大范圍的切除會給患者以后的日常生活帶來較大的影響，因此要求治療方法能盡量保存器官不降低患者的生活質量。對沒有淋巴結轉移的早期癌癥采用內鏡下粘膜下層剝離術(ESD)，保存器官，只在內鏡下切除腫瘤，具有根治效果，創口愈合后幾乎能百分之百地恢復原來的生活。如果雖屬早期癌但略有進展或有淋巴結轉移的危險時，可與外科配合，選擇腹腔鏡手術。這也比開腹行胃切除手術的創傷小得多，慶應義塾大學病院腫瘤中心對這兩種方法均擁有豐富的臨床經驗和高超的技術，能提供無縫治療服務。

目前，基于前哨淋巴結活檢進行細胞減滅術作為新的微創治療受到醫學界的廣為關注。在胃切除術中，由于害怕癌細胞轉移一般切除的范圍都較大，而采用前哨淋巴結活檢就能確認有無轉移，若沒有轉移就能夠保存器官。用內鏡將同位素或色素噴灑于病灶周圍，再用腹腔鏡探尋并切除著色的淋巴結，然后用顯微鏡確認有無轉移。如果沒有轉移，可行切除范圍小的細胞減滅術。如果有轉移，轉行胃切除及淋巴結清掃術等傳統胃癌手術。由于能在手術中迅速做出是否轉移的診斷，從確診到手術一步到位，從這一點來說，患者所受的痛苦少。

目前該治療方法已在乳癌和惡性黑色素瘤的治療中顯示出價值，慶應義塾大學病院的醫療組在世界上首次報告了將這一治療方法應用于消化道腫瘤，治療經驗位居世界領先水平。

免疫統括醫療中心

治療對象：各種被列為疑難病癥的免疫疾病(潰瘍性結腸炎、克羅恩病、類風濕關節炎、系統性紅斑狼瘡、銀屑病、白塞病等)

治療方法：針對免疫疾病的生物學制劑治療、白細胞去除術

醫學界列為疑難病癥的免疫疾病大多病因不詳，目前仍在不斷探索開發新的治療方法。近年來，抗TNF-a抗體制劑等生物制劑在免疫疾病的治療領域正在迅速推廣應用，但由于生物制劑治療的歷史尚短，既要取得更好的療效又要安全用藥就需要醫生擁有淵博的知識和豐富的臨床經驗，以及通過跨科室團隊進行綜合性支援。慶應義塾大學病院免疫統括醫療中心在一個中心橫貫治療各種免疫疾病，共享各種治療經驗，能比一般醫院獲得更多的信息。從而能得到更有效的治療，中心對各種醫學界列為疑難雜癥的免疫疾病的治療成績居世界前列。

此外，慶應義塾大學病院免疫統括醫療中心還對傳統的藥物療法不見療效的潰瘍性結腸炎和類風濕關節炎患者的采用白細胞去除術治療。這是正在引起醫學界廣泛關注的一種新的治療方法，從患者左側或右側的上臂或大腿等處的靜脈將血液取出體外，通過濾器去除與炎癥有關的活化的白細胞后，將凈化的血液再回輸患者體內。這一療法不使用藥物，副作用少，在日本的醫療機構已經進入臨床應用階段，在該中心也早就積極采用。