隨著分子生物學的進步， 繼發現上皮生長因子基因變異后， 目前醫學界又發現另一個可作為靶點的變異基因， 是由兩個斷裂的基因重新融合后， 分泌一種新的蛋白， 稱為融合性蛋白，如EML4—Alk或與ROS1基因或RET基因產生的融合性蛋白。

2007年醫學界發現，不抽煙、較年輕且腫瘤沒有上皮生長因子基因突變的肺腺癌患者， 具有EML4—Alk或ROS1基因融合性蛋白的可能性較大。 EML4—Alk占非小細胞肺癌的3%～5%， 據臺北榮民總醫院統計， 不具上皮生長因子基因突變的肺腺癌患者約占16%， 已有效果良好的新藥上市(如克唑替尼)， 另有一些新藥正在進行臨床試驗。

至于ROS1的基因變異更為少見，僅占非小細胞肺癌的1%，初步的研究顯示克唑替尼對此也有相當好的療效。